Xã Hóa Quỳ được thành lập vào ngày 4 tháng 9 năm 1964 trên cơ sở tách một phần diện tích và dân số của xã Yên Cát.[1]

Ngày 2 tháng 10 năm 1981, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định số 102-HĐBT[4]. Theo đó, chia xã Hóa Quỳ thành hai xã Hóa Quỳ và Xuân Quỳ.

Đến năm 2018, xã Xuân Quỳ có diện tích 18,27 km², dân số là 2.037 người, mật độ dân số đạt 111 người/km². Xã Hóa Quỳ có diện tích 26,55 km², dân số là 5.152 người, mật độ dân số đạt 194 người/km².

Ngày 16 tháng 10 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 786/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Thanh Hóa (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 12 năm 2019)[2]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Xuân Quỳ trở lại vào xã Hóa Quỳ.